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膜蛋白是與細胞區(qū)室或細胞器的細胞膜相關(guān)或附著的蛋白質(zhì)。它們代表了最大和最重要的蛋白質(zhì)類別之一，可以分為外周或整體。
在過去的幾十年里，已知的人類蛋白質(zhì)編碼基因的數(shù)量總是略有變化，但近年來，絕對數(shù)量圍繞著20.000個基因（Piovesan，Antonaros和Vitale）旋轉(zhuǎn)。 這些蛋白質(zhì)中約有三分之一是分泌蛋白或膜結(jié)合蛋白，雖然這是整個蛋白質(zhì)組的重要組成部分，但其中只有少數(shù)在結(jié)構(gòu)上是已知的。由于所有獲批的療法中約有一半靶向膜蛋白，解析這些治療相關(guān)膜蛋白的結(jié)構(gòu)非常有利于未來的藥物設(shè)計。
膜蛋白質(zhì)組和分泌組被認為是最大和最重要的蛋白質(zhì)類別之一。膜蛋白被定義為與細胞膜或細胞內(nèi)細胞器相關(guān)或附著的蛋白質(zhì)。它們分為外周蛋白和整體蛋白。外周膜蛋白是 時間上 與脂質(zhì)雙層相關(guān)，但不能全部跨越膜。通過外周區(qū)域的穿孔或與整合膜蛋白偶聯(lián)來實現(xiàn)對脂質(zhì)雙層的附著（參見 圖3，B&C).這些完整的蛋白質(zhì)嵌入，跨越整個脂質(zhì)雙層，并包含位于膜內(nèi)的疏水性α-螺旋或β-桶結(jié)構(gòu)。根據(jù)它們的細胞功能，它們可以進一步細分為受體或通道等組。
與親水性細胞外和細胞內(nèi)結(jié)構(gòu)域一起，大多數(shù)膜蛋白表現(xiàn)出兩親性特征。兩親性特征還產(chǎn)生了一種特征，通過該特征通常可以識別完整的膜蛋白。這是由于它們的一級結(jié)構(gòu)在其線性序列中含有19-23個疏水氨基酸，需要跨越膜的疏水內(nèi)部。帶有指向桶外部的疏水殘基的β桶也可以作為膜蛋白的良好指標。
在許多生理和病理過程中，試劑、轉(zhuǎn)錄因子、蛋白質(zhì)或離子需要通過膜屏障。如果成功，它們會觸發(fā)信號通路，發(fā)送生長和凝血因子或傳遞無法穿過脂質(zhì)雙層的蛋白質(zhì)信號，如細胞因子。因此，膜蛋白位于許多細胞過程的一個非常重要的交叉點。
為此，膜蛋白接管了許多關(guān)鍵功能，例如蛋白質(zhì)和離子通過特殊通道的運輸或許多生物體內(nèi)的信號轉(zhuǎn)導。它們還負責細胞間連接或細胞間識別，使細胞之間的快速通信和外來細胞的有效識別，這對免疫系統(tǒng)至關(guān)重要。
目前，TCDB（轉(zhuǎn)運體分類數(shù)據(jù)庫）列出了92個超家族，其中有1600多個轉(zhuǎn)運蛋白家族。由于數(shù)量龐大，我們只想在下面對這些傳輸器類進行一個小的概述：
ABC-轉(zhuǎn)運車
ATP結(jié)合盒轉(zhuǎn)運蛋白超家族是最大的基因家族之一。在大多數(shù)情況下，它們由多個亞基組成，分為疏水跨膜結(jié)構(gòu)域和親水膜相關(guān)ATP酶。作為分子泵，它們利用ATP水解的能量在細胞膜上移動各種溶質(zhì)（Jones和George，2002）。
離子通道
造孔蛋白促進離子流過細胞膜。根據(jù)類型進行細分，通過分類為門控機制，按離子類型或細胞定位進行細分。第一組中類型是電壓門控離子通道，例如許多Na+， K+, 或 CA2+ 渠道。從生物學上講，它們是神經(jīng)系統(tǒng)的關(guān)鍵組成部分。同樣，它們參與肌肉收縮或T細胞活化也同樣重要。
膜結(jié)合ATP酶
顧名思義，ATP酶超家族利用ATP來執(zhí)行其功能。它們分為 F、V 和 P 型 ATP 酶。F型和V型ATP酶被歸類為旋轉(zhuǎn)ATP酶，而P型ATP酶利用ATP水解釋放的自由能驅(qū)動其構(gòu)象變化（Palmgren和Nissen，2011;Pizzagalli， Bensimon， and Superti-Furga， 2020）。一種ATP酶是Na+/K+-交換劑，根據(jù)其濃度梯度泵送鈉和鉀，以維持細胞膜電位。
SLC-轉(zhuǎn)運車
溶質(zhì)載體蛋白是轉(zhuǎn)運蛋白的超家族，通過膜轉(zhuǎn)移多種溶質(zhì)。這些包括糖、氨基酸、維生素或金屬等分子（Hediger 等。, 2013).因此，它們是進入或離開細胞的主要調(diào)節(jié)劑之一，許多生理和細胞過程都依賴于它們（Pizzagalli、Bensimon 和 Superti-Furga，2020 年）。
水道
水通道蛋白或水通道促進水流過膜。因此，它們在維持水平衡方面發(fā)揮著基本作用。
酶活性 - 各種代謝途徑的代謝物和底物的加工
信號轉(zhuǎn)導 - 化學信使與膜蛋白結(jié)合位點相互作用以發(fā)出信號
傳輸（主動/被動） - 在不同的細胞膜上移動分子和其他物質(zhì)
細胞間識別 - 細胞之間的識別，即與免疫系統(tǒng)相關(guān)的細胞
細胞間連接 - 不同的結(jié)點，如間隙或緊密結(jié)連接相鄰的電池
錨固/附件 - 對細胞骨架網(wǎng)絡(luò)、蛋白質(zhì)位置和某些形狀的維持很重要
單主題 整體蛋白附著在膜雙層的一側(cè)。相互作用類型涉及例如平行于膜平面的兩親性α螺旋（參見 圖11）或幾個疏水環(huán)將蛋白質(zhì)整體錨定。
雙位 整體蛋白僅跨越脂質(zhì)雙層一次。典型的雙位結(jié)構(gòu)由跨膜結(jié)構(gòu)域和兩個細胞結(jié)構(gòu)域（額外和內(nèi)部）組成。
多主題 跨膜蛋白不止一次跨越脂質(zhì)雙層。跨膜結(jié)構(gòu)域中α-螺旋和β-桶元素的不同組成是可能的（參見 圖11 舉兩個例子）。
脂質(zhì)錨定 蛋白質(zhì)共價附著在磷脂雙層中的脂質(zhì)上。相互作用可以通過與膜脂質(zhì)的共價鍵（脂化）或與膜脂質(zhì)的靜電/離子相互作用發(fā)生。
簡單擴散
例如，分子、離子或顆粒從較高濃度的區(qū)域沿其梯度向下移動到較低濃度的區(qū)域。運動一直持續(xù)到達到平衡。帶電粒子可以向一個方向或另一個方向移動這種膜電位。
被動運輸
較大分子（如糖或氨基酸）的簡單擴散的類似物。膜轉(zhuǎn)運蛋白使在正常條件下無法通過膜的底物沿著濃度梯度向下移動。
通道蛋白
跨越細胞膜的特殊跨膜蛋白。門控機制可由配體、膜電位變化或機械過程（例如細胞骨架變化）觸發(fā)。
載體蛋白
對于這種類型的被動轉(zhuǎn)運，分子通過特殊載體的構(gòu)象變化進行轉(zhuǎn)移。這種變化是由基板對接到載體觸發(fā)的。運輸方式可以用單個分子（Uniport）進行，兩個分子沿同一方向（Symport）或相反方向（Antiport）移動。
主動運輸
主動運輸是一種需要外部能量才能執(zhí)行其機制的運輸形式。這使得分子或離子能夠相對于其濃度梯度或電勢梯度傳輸。能量的形式可以是化學性質(zhì)的（ATP）或電荷。也可以利用濃度梯度作為能量來源。
主要主動傳輸
質(zhì)子和無機離子通過利用ATP的能量在細胞膜中移動。Na-K泵是這種傳輸形式的一個例子，它傳遞三個帶正電荷的鈉離子和兩個同樣帶正電荷的鉀離子。
二次主動傳輸
類似于被動載體蛋白同源蛋白和反轉(zhuǎn)運蛋白，這次其中一個離子隨著其濃度梯度移動，而第二個離子則與其相反移動。這可以在同一方向（Symport）或相反方向（Antiport）上實現(xiàn)。因此，電化學梯度是這里的驅(qū)動力。
三級主動運輸
對于這種類型，三個轉(zhuǎn)運體需要串聯(lián)運行。第一轉(zhuǎn)運蛋白建立分子的電化學梯度 一個 （主要活動）。第二轉(zhuǎn)運蛋白利用分子 一個 為分子建立有利的電化學梯度 B （輔助活動）。最后，轉(zhuǎn)運蛋白三利用分子梯度 B 移動分子 C 反對其濃度梯度（Hamm，Alpern和Preisig，2008）。
群體易位
這是一種特殊的細菌運輸形式。要運輸?shù)幕脑诖诉^程中會發(fā)生化學變化。因此，不會產(chǎn)生濃度梯度。作為一種能量形式，可以使用ATP，但還有其他能量來源，如PEP（磷酸轉(zhuǎn)移酶系統(tǒng)），也用于葡萄糖運輸過程（見 圖12、組易位）。
同時，已經(jīng)應(yīng)用的實驗方法，如 納米盤系統(tǒng)，環(huán)烷烴改性 兩棲動物或 阿斯蒂 共聚物也將進一步發(fā)展，推動我們的知識邊界向前發(fā)展。
未來，人工智能和此類實驗方法的交織將引入生物和醫(yī)學研究的新時代，塑造數(shù)字生物學或生物醫(yī)學計算等領(lǐng)域。新方法將更新我們的藥物發(fā)現(xiàn)過程，極大地加速它們。無論我們追求什么路徑，膜蛋白質(zhì)組都將在其中發(fā)揮至關(guān)重要的作用。
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