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代謝組位于基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和蛋白質(zhì)作用網(wǎng)絡(luò)的下游，提供生物學(xué)的終端信息。那么代謝組學(xué)提供終端信息的實(shí)驗(yàn)過程是怎樣的呢？
代謝組學(xué)的實(shí)驗(yàn)過程主要包括生物樣品制備、代謝物分離、檢測和鑒定、數(shù)據(jù)分析和生物學(xué)解釋。
代謝物主要通過體液排泄，因此各種易得的生物體液是代謝組學(xué)研究的主要樣本。同時，各種復(fù)雜的生物組織和細(xì)胞樣本，如臨床或動植物實(shí)驗(yàn)中獲得的病理組織或動植物組織等，也是代謝組樣本。
由于身體的所有組織和器官都參與代謝過程，每個細(xì)胞都有其代謝產(chǎn)物的釋放，周圍的環(huán)境可以改變細(xì)胞的功能。因此，代謝譜易受多種因素影響，代謝組學(xué)研究的樣本采集需要嚴(yán)格控制。采集樣本時，需要考慮采集時間、樣本保存條件和保存時間等的平行性。特別是臨床生物樣本不易控制，需要考慮年齡、性別、年齡等的匹配。受測患者與健康對照人群的飲食、作息習(xí)慣、體重、用藥等因素之間的差異。這些因素的變化會導(dǎo)致代謝譜的變化，影響實(shí)驗(yàn)結(jié)果。
與基因和蛋白質(zhì)相比，代謝物處于生命活動的下游，動態(tài)波動較大。因此，需要更多的生物學(xué)重復(fù)來提高數(shù)據(jù)的可靠性和可信度。
根據(jù)不同的樣品性質(zhì)、實(shí)驗(yàn)?zāi)康摹⒋x物的理化性質(zhì)，選擇不同的分析鑒定技術(shù)。目前，常用的鑒定技術(shù)是色譜-質(zhì)譜聯(lián)用技術(shù)和核磁共振（NMR）技術(shù)。
色譜-質(zhì)譜技術(shù)：利用色譜分離和質(zhì)譜鑒定，可以對代謝物進(jìn)行快速定性分析和準(zhǔn)確定量。同時，由于質(zhì)譜的靈敏度高，可以檢測到更多的低水平代謝物。
色譜-質(zhì)譜法包括液相色譜-質(zhì)譜法和氣相色譜-質(zhì)譜法。
LC/MS是一種分辨率較高的分離分析技術(shù)。具有靈敏度高、動態(tài)范圍寬、無需衍生化等優(yōu)點(diǎn)。因此，它已成為代謝組學(xué)研究中常用的技術(shù)。 LC/MS的主要分析范圍包括非揮發(fā)性化合物的分析與測定、極性化合物的分析與測定以及熱不穩(wěn)定化合物的分析與測定。 1000Da以內(nèi)的大分子量化合物的分析測定，包括蛋白質(zhì)、肽、聚合物等。
GC/MS是一種質(zhì)譜技術(shù)，主要用于揮發(fā)性物質(zhì)的分離和鑒定。擁有較為完善的美國國家標(biāo)準(zhǔn)與技術(shù)研究院（NIST）數(shù)據(jù)庫。它在代謝物鑒定方面具有一定的優(yōu)勢，是植物代謝組學(xué)研究中常用的分析技術(shù)。
在動物代謝組學(xué)方面，由于動物的內(nèi)源代謝物大多是非揮發(fā)性的，分析樣品需要經(jīng)過復(fù)雜的化學(xué)衍生化處理才能實(shí)現(xiàn)分析，這限制了GC/MS的應(yīng)用。然而，隨著衍生化試劑和方法的創(chuàng)新，GC/MS開始逐漸應(yīng)用于動物代謝組學(xué)。與LC/MS相比，GC/MS檢測到的化合物主要是低極性、分子量相對較小（<300 Da）的代謝物。
核磁共振（NMR）能夠?qū)崿F(xiàn)對樣品中代謝物無偏差，并且所有化合物的靈敏度相同；對樣品無損傷，不會破壞生物樣品的結(jié)構(gòu)和性質(zhì)。無需復(fù)雜的預(yù)處理，可以在接近的生理?xiàng)l件下對生物樣品進(jìn)行測試；并且可以實(shí)時動態(tài)檢測。
但NMR也有明顯的缺點(diǎn)，主要表現(xiàn)在以下幾個方面：其靈敏度比質(zhì)譜低幾個數(shù)量級，難以檢測豐度低的代謝物；對于可檢測到但含量較低的代謝物，信號較弱。同一種代謝物會產(chǎn)生多種信號，有些信號是不同代謝物信息疊加的結(jié)果。 NMR 可以提供結(jié)構(gòu)片段的信息，但通常很難將這些片段分配給代謝物。
不同的代謝組鑒定技術(shù)具有不同的特點(diǎn)。 GC/MS 擅長分析和鑒定揮發(fā)性和低極性代謝物，但不適合非揮發(fā)性代謝物。 LC/MS擅長分析鑒定1000Da以內(nèi)的大分子量化合物、非揮發(fā)性化合物、極性化合物、熱不穩(wěn)定化合物。NMR檢測代謝物無偏差、無損傷、前處理簡單、實(shí)時具有動態(tài)檢測特性，但檢測靈敏度較低。因此，應(yīng)根據(jù)研究對象的特點(diǎn)和目的，進(jìn)行更全面的代謝組分析和鑒定，靈活組合一種或多種代謝組鑒定技術(shù)，充分發(fā)揮各自的優(yōu)勢。
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