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為了探究生物過程的分子機制，有必要確定介導該過程的蛋白質-蛋白質相互作用。研究蛋白質-蛋白質相互作用的主要技術總結如下：
酵母雙雜交系統是廣泛應用于蛋白質相互作用組學研究的重要方法。其原理是，當目標蛋白和誘餌蛋白特異性結合時，誘餌蛋白與報告基因的啟動子結合，啟動報告基因在酵母細胞中的表達。如果檢測到報告基因的表達產物，則說明兩者之間存在相互作用。效應，否則兩者之間不存在交互作用。該技術可用于微定量和陣列后的大規模蛋白質相互作用研究。在實際工作中，根據需要又開發出了一混合系統、三混合系統和反混合系統。安格邁爾等人。設計了 SOS 蛋白介導的雙雜交系統。可以研究膜蛋白的功能，豐富了酵母二雜交系統的功能。此外，酵母二雜交系統的作用也已擴展到蛋白質的鑒定。
單克隆抗體的 DNA 序列與編碼噬菌體外殼蛋白的基因相連。當噬菌體生長時，相應的單克隆抗體在表面表達，然后噬菌體通過柱。如果柱中含有目標蛋白，它將特異于相應的抗體。結合起來，這稱為噬菌體展示技術。這項技術也主要用于研究蛋白質之間的相互作用。它不僅具有高通量、簡單的特點，還具有直接獲取基因、高選擇性篩選復雜混合物、通過篩選過程中適當改變條件直接評價相互作用等優點。結合的特異性。目前，利用優化的噬菌體展示技術，展示了人和小鼠兩種特殊細胞系的cDNA文庫，分離出了人上皮生長因子信號通路中的信號分子。
表面等離子共振（SPR）已成為蛋白質相互作用研究的新方法。其原理是利用納米級薄膜吸附“餌料蛋白"。當待測蛋白與誘餌蛋白結合時，薄膜的共振特性會發生變化，通過檢測即可得知兩種蛋白的結合情況。 SPR技術的優點是不需要標記或染料，并且可以實時監控反應過程。該檢測快速、安全，還可用于檢測蛋白質-核酸和其他生物大分子的相互作用。
熒光共振能量轉移（FRET）廣泛用于研究分子間距離及其相互作用；與熒光顯微鏡相結合，可以定量獲得生物體中蛋白質、脂質、DNA和RNA的時空信息。隨著綠色熒光蛋白（GFP）的發展，FRET熒光顯微鏡有潛力實時測量活細胞中分子的動態特性。提出了一種定量測量 FRET 效率和供體與受體之間距離的簡單方法，僅使用一組濾光片并測量比率，利用供體和受體的發射光譜來消除光譜串擾。該方法簡單快速，可以實時定量測量FRET效率和供受體距離，特別是對于基于 GFP 的供體-受體對。
蛋白質芯片技術的出現給蛋白質組學研究帶來了新的思路。蛋白質組學研究的主要內容之一是研究不同生理狀態下蛋白質水平的數量變化。小型化、集成化、高通量的抗體芯片是一個非常好的研究工具，也是芯片中發展最快的芯片。而且技術已經越來越成熟。其中一些抗體芯片已經開發用于臨床應用，例如腫瘤標志物抗體芯片，還有許多已經應用于各個領域。
免疫共沉淀是主要用于研究蛋白質與蛋白質相互作用的技術。金黃色葡萄球菌蛋白A（SPA），如果細胞內有靶蛋白與目的蛋白結合，就可以形成這樣的復合物：“靶蛋白-目的蛋白-抗目的蛋白抗體-SPA\|Pansobin" "，由于 SPA\|Pansobin 相對較大，因此在離心過程中復合物被分離出來。通過變性聚丙烯酰胺凝膠電泳分離復合物的四種成分。然后，通過Western blotting方法，使用抗體檢測目標蛋白是什么以及是否是預測蛋白。該方法獲得的目的蛋白與細胞內的目的蛋白自然結合，符合體內實際情況，獲得的蛋白可靠性高。但這種方法有兩個缺點：一是兩種蛋白質的結合可能不是直接的，而是有第三方充當中間的橋梁；二是實驗前必須對目標蛋白進行預測，以選擇最終的檢測抗體，因此如果預測不正確，實驗就不會得出結果，而且方法本身也存在風險。
蛋白質相互作用有兩種類型：牢固相互作用和瞬時相互作用。強相互作用在多亞基蛋白質復合物中很常見，最好通過免疫共沉淀 (Co-IP)、Pull-down 技術或 Far-western 方法進行研究。 Pull-down 技術使用固定的、標記的誘餌或標簽蛋白（生物素、PolyHis 或 GST）從細胞裂解物中撈出相互作用的蛋白質。 Pull-down技術可以確定已知蛋白質與提取的蛋白質或純化的相關蛋白質之間的相互作用，并從體外途徑或翻譯系統檢測蛋白質相互作用。
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